आयुर्वेद तथा वैकल्पिक चिकित्सालय, भक्तपुर   बागमती प्रदेश सरकार अन्तर्गत संचालित आयुर्वेद तथा बैकल्पिक चिकित्सा सेवा प्रदान गर्ने जिल्ला स्तरीय स्वास्थ्य संस्था हो । भक्तपुर जिल्लामा आयुर्वेद तथा बैकल्पिक चिकित्साका स्वास्थ्य सेवाहरु प्रवाह गर्ने, समुदाय स्तरमा जनस्वास्थ्य मुलक कार्यक्रमहरु मार्फत सर्वसाधारणमा स्वास्थ्य सम्बन्धि जनचेतना अभिबृद्धि गर्ने र स्वास्थ्य सेवामा आयुर्वेद तथा बैकल्पिक चिकित्सा पद्धतिको उच्चतम उपयोगमा प्रोत्साहित गरी यी बिधाको बिकास र विस्तारमा टेवा पुर्याउनुका साथै यस जिल्लामा संचालनरत आयुर्वेद तथा बैकल्पिक चिकित्साका निजी तथा सामुदायिक स्वास्थ्य संस्थाहरु एवं गतिविधिहरुको नियमन गर्नु यस कार्यालयको प्रमुख कार्यहरु हुन् । यो कार्यालय भक्तपुर नगरपालिका वडा नं १०, कमलबिनायकको नगरकोट बसपार्कको ठिक सामुन्ने अवस्थित छ । यस कार्यालयमा स्वास्थ्य सेवा प्रवाह तर्फ हालका लागि अनुभवी चिकित्सकबाट बिरामी परीक्षण, पञ्चकर्म/पुर्वकर्म सेवाहरु,थेरापी सेवा , फिजियोथेरापी सेवा, अकुपञ्चर सेवा ,  प्याथोलोजी ल्याव सेवा तथा नेपाल सरकारबाट तोकिएका २३ थरी आयुर्वेद औषधि निःशुल्क बितरण सेवाहरु उपलब्ध छन् । हालका लागि सबै सेवाहरु निःशुल्क उपलब्ध छन् । यिनका साथै ज्येष्ठनागरिकको स्वास्थ्य प्रवर्धनका लागि र छ महिना भित्रका सुत्केरी आमाहरुलाई लक्षित गरी दुग्ध बर्धक औषधि बितरण गर्ने बिशेष सेवाहरु पनि निःशुल्क संचालनरत छन् । हाल यस चिकित्यसालयमा प्रचलित बजार दरमा १०%  छुट सहित सशुल्क फार्मेसी समेत सञ्चालित छ । कार्यालय मातहत भक्तपुर नगरपालिका वडा नं ६, चोछेंमा १ वटा, चाँगुनारायण नगरपालिका वडा नं ७, बागेश्वरीमा १ वटा र सुर्यबिनायक नगरपालिका वडा नं १०, नलिनचोकमा १ वटा गरी जम्मा ३ वटा नागरिक आरोग्य सेवा केन्द्रहरु संचालनरत छन् । यी सेवा केन्द्रहरुबाट पनि बिरामी परीक्षण, पञ्चकर्म/पुर्वकर्म थेरापीहरु र औषधि बितरण सेवाहरु निःशुल्क रुपमा प्रवाह भईरहेका छन् । यस कार्यालयमा हाल चार  चिकित्सक सहित जम्मा १६ जना कर्मचारी कार्यरत छन् भने प्रत्येक नागरिक आरोग्य सेवा केन्द्रहरुमा २/२ जना गरी जिल्ला भरीमा जम्मा २१  जना कर्मचारीहरु कार्यरत छन् ।